大学院生時代の研究室では顕微鏡の操作にMetaMorphという商用のソフトウェアを使っていた。現在、ポスドクをしている研究室ではMicro-Managerというソフトウェアを使って顕微鏡を動かしている。画像解析でよく広く使わているImageJの顕微鏡制御用プラグイン…

縁あって、アメリカの大学でポスドクをすることになった。 ビザを取得して渡航するまでの流れを大まかに書いておきたいと思う。【2018年6月】 受け入れ先の研究室にEメールでコンタクトをとった。分野を少し変えるのもあり、面識がなかったのでメールでのコ…

研究機器を制御する用途でArduino Dueを触り始めた。公式サイトが公開しているコードをコピペして実行しようとした時点でコンパイルエラーに嵌ってしまったので、メモ。実行環境 Windows10 機器：Arduino Due Arduino IDE: 1.8.4コンパイル前にやったことと…

以前、WindowsマシンでCygwinを使ってPukiwikiを作成するということをしました。 vlpius.hatenablog.comラボのデスクトップPC以外からwikiの編集をしたいという需要が個人的に高まったので、Dropboxにwikiのソースを置いて複数のPCから管理が可能にしようと…

セル配列にある文字列のインデックスと配列の構造体の任意の次元の値が対応しており、文字列の情報を引数にデータを引っ張り出してきたいという場面に出くわしました。 （しっかり設計していれば、インデックスで対応させるんじゃなくて、構造体にまとめるな…

ある配列の最大値・最小値を取ってきたり、allやanyを使って非ゼロの判定をする時に、行ごとや列ごとではなく、全体を一度処理したいことがあると思います。 % 配列の定義 >> A = rand(3) A = 0.2551 0.8909 0.1386 0.5060 0.9593 0.1493 0.6991 0.5472 0.25…

他のアプリケーションで作成した(x,y)の成分で表される情報（画像など）をMATLAB上で行列として取り込む時に素直に代入してしまうと、期待していなかった行列が生成されてしまってウンウン唸ることがありました。（昨日、数カ月ぶり2度目） % x_info: 外部ア…

解析用のLinuxマシンを用意してもらったので、いろいろと設定をして、さぁ使い始めようと思い、スクリプトファイルを書こうと思ったらemacsの挙動がおかしい。。 $ emacs -nw hogehoge.py と書いているのに、言語が表示される部分にはFundamentalと出るし、…

研究のメモとかをmarkdownで書いていたのだけど、wiki形式で管理したほうが管理しやすそうだし、環境を研究室のサーバーに移植すれば、他の人とも情報共有ができて便利かなと思ったので、まずはお試しとしてローカル環境でPukiwikiを立ち上げてみることにし…

XAMPPでApacheを起動しようとしたら Found Path: "c:\Apache24\bin\httpd.exe" -k runservice Expected Path: "c:\xampp\bin\httpd.exe" -k runservice とのエラーが出た。どうやらちょっと前に単体でインストールしたApacheが悪さをしている模様。 環境変数…

研究で画像データを扱っていると、非ゼロのピクセルを１に置き換えてバイナリデータとして扱いたい時がある。 ”matlab 画像 バイナリ化”とかでググるとim2bwの解説にたどり着くことが多いが、閾値どうこうではなくて一括で変換したい(ピクセルの値が０か非ゼ…

.gitignoreを一度書いて、"git add ." とかしたのはいいものの、無駄なものを取り除ききれていないことなどがたまにある。 そういった時はインデックスを一度削除してから再push。もっとスマートなやり方があるとは思うけど、うまくいってるのでとりあえず良…

MacのFinderのサイドバーがカタカナ表示なのが格好悪いのでPCの使用言語は日本語のまま、英語にします。 ターミナルで一行ずつ実行していきます。 cd /System/Library/CoreServices/SystemFolderLocalizations/ja.lproj sudo mv /ja.lproj/SystemFolderLocal…

環境: MATLAB 2013a MATLABを使用する際に使っているディレクトリ名変えたら、起動時にそんなディレクトリねぇぞ！！！と怒られた。 毎回起動時にそんなこと言われるのはつらいので、その対処法です。再インストールしてもいいけど、原始的ですね。 /Applica…

みんな大好きGitHubでは学生だとPrivate Repoが無料で作れるらしいとは聞いていたけど、これまで使っていなかった。(というか、どう設定したらいいのか知らなかった) 大学の先輩の経験談を踏まえて、卒論やら汎用性の高い研究用のスクリプトとかやっぱりGitH…

Haswell搭載のiMacを購入して意気揚々と研究室の自分の机に設置したのはよかったものの、ジョブを走らせておいてしばらくてから確認しようとしたらssh接続が切れていた。 いちいちログインし直すのが面倒なので設定ファイルをいじる。 ~/.ssh/configに Serve…

日記アプリとして名高い"Day One"のMac版でなんだかわけのわからん問題が発生していました。 (環境はOS: Mountain Lion, DayOne.app: 1.7.2) それは 1. Data Fileを読み込むパスの変更をPreference上で行おうとしてもうまくできない 2. ⌘+Qで正常にアプリを…

ブログを始める日が来るとは思ってもみなかったけど、備忘録的にうだうだと書いてみようと思う。